世纪欧洲市场对生丝及瓷器等中国商品的需求，带来了高额贸易利润。
荷兰东印度公司董事会发出指示，必须用一切可能来增进对华贸易。他们迫切需要在中国沿海建立自己的贸易据点。
而澎湖和台湾便是最适合的地方！
天启元年11月，荷兰人从捕获的西班牙船上获悉西班牙人占领台湾的计划。于是荷兰舰队将主力移驻毕斯卡度雷斯（即澎湖群岛），并派船到雷克贝克诺（即台湾）及邻近地区探勘，抢先占领南部良港，建筑城堡，并派兵镇守。
舰队于次年抵达澎湖岛，在澎湖风柜尾修建城堡。这是荷兰人第二次入侵澎湖。占领澎湖后，荷兰殖民者要求通商。
福建巡抚商周祚断然拒绝，并要他们撤出澎湖，否则不与贸易。
天启三年七月南居益继任福建巡抚，他一方面下令沿海戒严，任何人不得与荷兰贸易，另一方面积极准备用武力驱逐入侵者。当年冬天，福建官兵在厦门附近的鼓浪屿、浯屿打败荷兰兵船。天启四年2月，守备王梦熊率领舟师攻打，荷兰人被迫退守风柜城。荷兰殖民者慑于明朝军队强大，不得从澎湖撤走，福建官员允许他们到台湾贸易。